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Scalable Open Science Approach for Mutation Calling of Tumor Exomes Using Multiple Genomic Pipelines

Ellrott, Kyle ; Bailey, Matthew H ; Saksena, Gordon ; Covington, Kyle R ; Kandoth, Cyriac ; Stewart, Chip ; Hess, Julian ; Ma, Singer ; Chiotti, Kami E ; Mclellan, Michael ; Sofia, Heidi J ; Hutter, Carolyn ; Getz, Gad ; Wheeler, David ; Ding, Li ; Caesar-Johnson, Samantha J ; Demchok, John A ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L ; Hutter, Carolyn M ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C ; Zhang, Jiashan ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Heiman, David I ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vesteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M ; Hegde, Apurva M ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K ; de Bruijn, Ino ; Gao, Jianjiong ; Gross, Benjamin E ; Heins, Zachary J ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Sander, Chris ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S. Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M ; Wong, Christopher K ; Yau, Christina ; Hayes, D. Neil ; Parker ; Wilkerson, Matthew D ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J. M ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A ; Mungall, Andrew J ; Mungall, Karen ; Robertson, A. Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C ; Beroukhim, Rameen ; Cherniack, Andrew D ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B ; Gao, Galen F ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H ; Kucherlapati, Raju S ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S ; Lai, Phillip H ; Maglinte, Dennis T ; Van Den Berg, David J ; Weisenberger, Daniel J ; Auman, J. Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A ; Hoyle, Alan P ; Jefferys, Stuart R ; Jones, Corbin D ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A ; Mose, Lisle E ; Perou, Amy H ; Perou, Charles M ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Appelbaum, Elizabeth L ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G ; Fronick, Catrina C ; Fulton, Lucinda A ; Fulton, Robert S ; Mardis, Elaine R ; Mclellan, Michael D ; Miller, Christopher A ; Schmidt, Heather K ; Wilson, Richard K ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M ; Lichtenberg, Tara M ; Ramirez, Nilsa C ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik ; Corcoran, Niall ; Costello, Tony ; Hovens, Christopher ; Carvalho, Andre L ; de Carvalho, Ana C ; Fregnani, José H ; Longatto-Filho, Adhemar ; Reis, Rui M Argonne National Lab. (Anl), Argonne, Il (United States). Advanced Photon Source (APS) (Corporate Author)

Cell Systems, 01 March 2018, Vol.6(3) [Peer Reviewed Journal]

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A Pan-Cancer Analysis Reveals High-Frequency Genetic Alterations in Mediators of Signaling by the TGF-β Superfamily.

Korkut, Anil ; Zaidi, Sobia ; Kanchi, Rupa S ; Rao, Shuyun ; Gough, Nancy R ; Schultz, Andre ; Li, Xubin ; Lorenzi, Philip L ; Berger, Ashton C ; Robertson, Gordon ; Kwong, Lawrence N ; Datto, Mike ; Roszik, Jason ; Ling, Shiyun ; Ravikumar, Visweswaran ; Manyam, Ganiraju ; Rao, Arvind ; Shelley, Simon ; Liu, Yuexin ; Ju, Zhenlin ; Hansel, Donna ; de Velasco, Guillermo ; Pennathur, Arjun ; Andersen, Jesper B ; O'Rourke, Colm J ; Ohshiro, Kazufumi ; Jogunoori, Wilma ; Nguyen, Bao-Ngoc ; Li, Shulin ; Osmanbeyoglu, Hatice U ; Ajani, Jaffer A ; Mani, Sendurai A ; Houseman, Andres ; Wiznerowicz, Maciej ; Chen, Jian ; Gu, Shoujun ; Ma, Wencai ; Zhang, Jiexin ; Tong, Pan ; Cherniack, Andrew D ; Deng, Chuxia ; Resar, Linda ; Weinstein, John N ; Mishra, Lopa ; Akbani, Rehan ; Korkut, Anil Caesar-Johnson, Samantha J (correspondence author) ; Demchok, John A (record owner) ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L ; Hutter, Carolyn M ; Sofia, Heidi J ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C ; Zhang, Jiashan Julia ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vesteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M ; Hegde, Apurva M ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K ; de Bruijn, Ino ; Gao, Jianjiong ; Gross, Benjamin E ; Heins, Zachary J ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Sander, Chris ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M ; Wong, Christopher K ; Yau, Christina ; Hayes, D Neil ; Parker, Joel S ; Wilkerson, Matthew D ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J M ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A ; Mungall, Andrew J ; Mungall, Karen ; Robertson, A Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C ; Beroukhim, Rameen ; Cherniack, Andrew D ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B ; Gao, Galen F ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H ; Kucherlapati, Raju S ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S ; Lai, Phillip H ; Maglinte, Dennis T ; Van Den Berg, David J ; Weisenberger, Daniel J ; Auman, J Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A ; Hoyle, Alan P ; Jefferys, Stuart R ; Jones, Corbin D ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A ; Mose, Lisle E ; Perou, Amy H ; Perou, Charles M ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C

Cell systems, October 24, 2018, Vol.7(4), pp.422-437.e7 [Peer Reviewed Journal]

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Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas.

Schaub, Franz X ; Dhankani, Varsha ; Berger, Ashton C ; Trivedi, Mihir ; Richardson, Anne B ; Shaw, Reid ; Zhao, Wei ; Zhang, Xiaoyang ; Ventura, Andrea ; Liu, Yuexin ; Ayer, Donald E ; Hurlin, Peter J ; Cherniack, Andrew D ; Eisenman, Robert N ; Bernard, Brady ; Grandori, Carla ; Schaub, Franz X Caesar-Johnson, Samantha J (correspondence author) ; Demchok, John A (record owner) ; Felau, Ina ; Kasapi, Melpomeni ; Ferguson, Martin L ; Hutter, Carolyn M ; Sofia, Heidi J ; Tarnuzzer, Roy ; Wang, Zhining ; Yang, Liming ; Zenklusen, Jean C ; Zhang, Jiashan Julia ; Chudamani, Sudha ; Liu, Jia ; Lolla, Laxmi ; Naresh, Rashi ; Pihl, Todd ; Sun, Qiang ; Wan, Yunhu ; Wu, Ye ; Cho, Juok ; Defreitas, Timothy ; Frazer, Scott ; Gehlenborg, Nils ; Getz, Gad ; Heiman, David I ; Kim, Jaegil ; Lawrence, Michael S ; Lin, Pei ; Meier, Sam ; Noble, Michael S ; Saksena, Gordon ; Voet, Doug ; Zhang, Hailei ; Bernard, Brady ; Chambwe, Nyasha ; Dhankani, Varsha ; Knijnenburg, Theo ; Kramer, Roger ; Leinonen, Kalle ; Liu, Yuexin ; Miller, Michael ; Reynolds, Sheila ; Shmulevich, Ilya ; Thorsson, Vesteinn ; Zhang, Wei ; Akbani, Rehan ; Broom, Bradley M ; Hegde, Apurva M ; Ju, Zhenlin ; Kanchi, Rupa S ; Korkut, Anil ; Li, Jun ; Liang, Han ; Ling, Shiyun ; Liu, Wenbin ; Lu, Yiling ; Mills, Gordon B ; Ng, Kwok-Shing ; Rao, Arvind ; Ryan, Michael ; Wang, Jing ; Weinstein, John N ; Zhang, Jiexin ; Abeshouse, Adam ; Armenia, Joshua ; Chakravarty, Debyani ; Chatila, Walid K ; de Bruijn, Ino ; Gao, Jianjiong ; Gross, Benjamin E ; Heins, Zachary J ; Kundra, Ritika ; La, Konnor ; Ladanyi, Marc ; Luna, Augustin ; Nissan, Moriah G ; Ochoa, Angelica ; Phillips, Sarah M ; Reznik, Ed ; Sanchez-Vega, Francisco ; Sander, Chris ; Schultz, Nikolaus ; Sheridan, Robert ; Sumer, S Onur ; Sun, Yichao ; Taylor, Barry S ; Wang, Jioajiao ; Zhang, Hongxin ; Anur, Pavana ; Peto, Myron ; Spellman, Paul ; Benz, Christopher ; Stuart, Joshua M ; Wong, Christopher K ; Yau, Christina ; Hayes, D Neil ; Parker, Joel S ; Wilkerson, Matthew D ; Ally, Adrian ; Balasundaram, Miruna ; Bowlby, Reanne ; Brooks, Denise ; Carlsen, Rebecca ; Chuah, Eric ; Dhalla, Noreen ; Holt, Robert ; Jones, Steven J M ; Kasaian, Katayoon ; Lee, Darlene ; Ma, Yussanne ; Marra, Marco A ; Mayo, Michael ; Moore, Richard A ; Mungall, Andrew J ; Mungall, Karen ; Robertson, A Gordon ; Sadeghi, Sara ; Schein, Jacqueline E ; Sipahimalani, Payal ; Tam, Angela ; Thiessen, Nina ; Tse, Kane ; Wong, Tina ; Berger, Ashton C ; Beroukhim, Rameen ; Cherniack, Andrew D ; Cibulskis, Carrie ; Gabriel, Stacey B ; Gao, Galen F ; Ha, Gavin ; Meyerson, Matthew ; Schumacher, Steven E ; Shih, Juliann ; Kucherlapati, Melanie H ; Kucherlapati, Raju S ; Baylin, Stephen ; Cope, Leslie ; Danilova, Ludmila ; Bootwalla, Moiz S ; Lai, Phillip H ; Maglinte, Dennis T ; Van Den Berg, David J ; Weisenberger, Daniel J ; Auman, J Todd ; Balu, Saianand ; Bodenheimer, Tom ; Fan, Cheng ; Hoadley, Katherine A ; Hoyle, Alan P ; Jefferys, Stuart R ; Jones, Corbin D ; Meng, Shaowu ; Mieczkowski, Piotr A ; Mose, Lisle E ; Perou, Amy H ; Perou, Charles M ; Roach, Jeffrey ; Shi, Yan ; Simons, Janae V ; Skelly, Tara ; Soloway, Matthew G ; Tan, Donghui ; Veluvolu, Umadevi ; Fan, Huihui ; Hinoue, Toshinori ; Laird, Peter W ; Shen, Hui ; Zhou, Wanding ; Bellair, Michelle ; Chang, Kyle ; Covington, Kyle ; Creighton, Chad J ; Dinh, Huyen ; Doddapaneni, Harshavardhan ; Donehower, Lawrence A ; Drummond, Jennifer ; Gibbs, Richard A ; Glenn, Robert ; Hale, Walker ; Han, Yi ; Hu, Jianhong ; Korchina, Viktoriya ; Lee, Sandra ; Lewis, Lora ; Li, Wei ; Liu, Xiuping ; Morgan, Margaret ; Morton, Donna ; Muzny, Donna ; Santibanez, Jireh ; Sheth, Margi ; Shinbrot, Eve ; Wang, Linghua ; Wang, Min ; Wheeler, David A ; Xi, Liu ; Zhao, Fengmei ; Hess, Julian ; Appelbaum, Elizabeth L ; Bailey, Matthew ; Cordes, Matthew G ; Ding, Li ; Fronick, Catrina C ; Fulton, Lucinda A ; Fulton, Robert S ; Kandoth, Cyriac ; Mardis, Elaine R ; Mclellan, Michael D ; Miller, Christopher A ; Schmidt, Heather K ; Wilson, Richard K ; Crain, Daniel ; Curley, Erin ; Gardner, Johanna ; Lau, Kevin ; Mallery, David ; Morris, Scott ; Paulauskis, Joseph ; Penny, Robert ; Shelton, Candace ; Shelton, Troy ; Sherman, Mark ; Thompson, Eric ; Yena, Peggy ; Bowen, Jay ; Gastier-Foster, Julie M ; Gerken, Mark ; Leraas, Kristen M ; Lichtenberg, Tara M ; Ramirez, Nilsa C ; Wise, Lisa ; Zmuda, Erik

Cell systems, March 28, 2018, Vol.6(3), pp.282-300.e2 [Peer Reviewed Journal]

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